Muzeum mieści się w zabytkowym budynku z końca XVIII w., tzw Opatówce, byłej siedzibie opata cystersów wągrowieckich. Budynek ten, po kasacji opactwa znalazł się w rękach prywatnych właścicieli. Władze miasta wykupiły go na początku lat osiemdziesiątych XX w. u w latach 1982 – 1987 przeprowadziły remont kapitalny.
Podczas prac remontowych zachowano ( z niewielkimi zmianami) architekturę budynku oraz dawny układ pomieszczeń. Wągrowieckie muzeum rozpoczęło działalność 1 października 1987 roku otrzymując do dyspozycji około 200 metrów kw. powierzchni wystawienniczej, podzielonej na 11 pomieszczeń, z których największe ma niespełna 30 metrów kw. W związku z tym, wnętrze muzealne posiada niepowtarzalny nastrój, jednak głównym jego mankamentem są niewielkie pomieszczenia i brak sali, która mogłaby pomieścić większą grupę słuchaczy.
[fotografie z wystaw czasowych]
Budynek muzealny usytuowany jest w najstarszej części Wągrowca, przy ul. Opackiej 15, w pobliżu zabytkowych obiektów sakralnych: Kościoła farnego z II połowy XVI wieku, późnobarokowego kościoła i klasztoru pocysterskiego, późnoklasycystycznego kościoła poewangelickiego oraz zabytkowych gmachów szkolnych z końca XIX w. – gimnazjum i żeńskiego gimnazjum humanistycznego. Opatówka otoczona jest niewielkim podwórzem, wykorzystywanym do imprez plenerowych dla kilkudziesięciu uczestników. Po przeciwnej stronie ulicy Opackiej znajduje się parking miejski wykorzystywany przez samochody i autokary odwiedzające muzeum, a za nim malowniczy teren zieleni z rzeką Wełną i niewielkim stawem, zwanym przez wągrowczan „Księżym kacerkiem” , gdzie w latach 1998 – 2003 organizowane były z inicjatywy pracowników muzeum WĄGROWIECKIE FESTYNY CYSTERSKIE, przeniesione od 2004 roku na dziedziniec i do ogrodów klasztorze pocysterskiego w Wagrowcu